Vi sinh vật gồm vi khuẩn, nấm, tảo chiếm khoảng 0,2 – 0,3 % lượng chất hữu cơ của đất.
Vi khuẩn trong đất có nhiều nhóm như nhóm phân huỷ hyđrat cacbon, nhóm chuyển hoá nitơ, nhóm vi khuẩn lưu huỳnh, sắt, mangan, phôtpho v.v…
Vi sinh vật đất có nhiệm vụ phân giải xác động, thực vật, tích luỹ chất dinh dưỡng từ môi trường xung quanh.
Ðộng vật đất gồm giun đất, tiểu túc, nhuyễn thể và động vật có xương tham gia tích cực vào quá trình phân huỷ xác động thực vật, đào xới đất, tạo điều kiện cho không khí, nước và vi sinh vật thực hiện quá trình phân huỷ chất hữu cơ, giúp cho thực vật bậc cao dễ dàng lấy được chất dinh dưỡng từ đất.
Vì : + Thực vật cung cấp vật chất hữu cơ cho đất , phá hủy đá
+Vi sinh vật phân hủy xác sinh vật và tổng hợp thành mùn
+Đọng vật sống trong đất góp phần làm biến đổi tính chất đất